四合院至少有3000多年的历史，早前的中国西周时期就有完整的四合院设计出现。陕西岐山凤雏村周原遗址出土的两进院落建筑遗迹，是中国已知最早、最严整的四合院实例。在中国各地有多种类型，其中以北京四合院为典型。四合院通常为大家庭所居住，提供了对外界比较隐密的庭院空间，其建筑和格局体现了中国传统的尊卑等级思想以及阴阳五行学说。

在现代，随着家庭结构和社会观念的变迁，传统四合院的宜居性受到了挑战。而在城市规划过程中，传统四合院也面临着保护和发展的矛盾，一些四合院被列为了文物保护单位，同时也有一些被拆除。汉代四合院建筑有了更新的发展，受到风水学说的影响，四合院从选址到布局，有了一整套阴阳五行的说法。唐代四合院上承两汉，下启宋元，其格局是前窄后方。然而，古代盛行的四合院是廊院式院落，即院子中轴线为主体建筑，周围为回廊链接，或左右有屋，而非四面建房。 晚唐出现具有廊庑的四合院，逐渐取代了廊院，宋朝以后，廊院逐渐减少，到明清逐渐绝迹。

元明清时期四合院逐渐成熟。元世祖忽必烈“诏旧城居民之过京城老，以赀高（有钱人）及居职（在朝廷供职）者为先，乃定制以地八亩为一分”，分给前往大都的富商、官员建造住宅，由此开始了北京传统四合院住宅大规模形成时期。 1970年代初，北京后英房胡同出土的元代四合院遗址，可视为北京四合院的雏形。后经明、清完善，逐渐形成北京特有的四合院建筑风格。

中华人民共和国建国后，北京的很多四合院沦为了大杂院，而改革开放后随着城市改造的开展，很多传统四合院被拆毁，如1998年拆除康有为的粤东新馆，2000年拆除赵紫宸故居，2004年拆除孟端胡同45号的清代果郡王府，2005年拆除曹雪芹故居，2006年拆除唐绍仪故居。 与此同时，一些四合院被列入北京市和各区县级的保护院落。

在古代，四合院基本上满足了一家人生活的需要，那时两进四合院以及更大的四合院通常是官宦和士绅的住所。而到了现代，一方面上下水、暖气等卫生设施没有进入四合院，沦为大杂院的四合院也未继续改进以适应汽车、空调等设备的需要，另一方面，像四世同堂那样的大家庭也比较少见，有钱的人家通常愿意在交通方便的郊外购置别墅，而不是生活在人口密度较高的市区。因此作为民居的四合院是否还存在价值，也是近代以来，一个争论的问题。